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에러메세지: Error in distfun(comm, method = distance, ...) : missing values are not allowed with argument 'na.rm = FALSE' Error in if (autotransform && xam > 50) { : missing value where TRUE/FALSE needed NMDS나 dbRDA같은 미생물군집간 차이 분석 과정 중 발생하는 에러. 에러 진단방법은 다음과 같다. # read in the data dat

Vlookup이란 레퍼런스변수에 맞는 값을 지정해주는 것이다. 엑셀에서 Vlookup 이용은 다음과 같다. 예시파일 1 예시파일2 Vlookup을 이용할 때, A (파란색)값에대한 레퍼런스 (빨간색)에서 일치하는 값을 (2) 정확히 입력 (0)을 하는 것이다. 이 방법을 R에서는 어떻게 적용할까? getwd() setwd("D:/R") getwd() Test1

안녕하세요, 미생물 군집 분석의 기초라고 할 수 있는 다양성에 대한 포스팅이에요. 우리는 미생물들과 공존하고 있어요. 몸 속에도 수많은 미생물들이 존재하고, 담수, 토양, 공기 중에도 미생물 군집이라고 할 수 있는 집단이 있어요. 미생물 군집이 얼마나 다양하게 있는지, 그리고 얼마나 균등하게 있는지 평가하여 많은 분석과 해석이 이루어지곤 해요. 군집간의 차이는 Beta diversity를 분석하지만, 군집내의 다양성은 Alpha diversity를 이용하기도 해요. 아래는 R을 이용해서 Alpha diversity를 분석하는 방법에 대한 command 설명이에요. 1. 패키지 설치 install.packages("vegan") install.packages("ggplot2") install.package..

Hello, This posting is about 16S rRNA microbiomal function prediction analysis. There are three main tools for functional prediction of bacterial microbiomes such as PICRUSt, FAPROTAX, Tax4Fun2. All of these contains weak points and strong points. In my case, i prefer to use Tax4Fun2 because of analysis pipeline. Brifely, 16S rRNA sequence data will be blasted, and highest similarity chromosome ..

안녕하세요, 16S rRNA의 미생물 군집 분석에 자주 이용되는 detail하고 deep한 내용인 functional prediction 분석에 관한 포스팅입니다. 16S의 Functional Prediction 분석이라고 하면 유명한 tool이 3개 있어요. PICRUSt, FAPROTAX, Tax4Fun2가 있지요. 각각의 장 단점은 모두 있으나, 개인적으로 Tax4Fun2가 가장 좋다고 생각하고 있어요. 이유는 Pipeline을 보면 알 수 있는데요. 간단히 설명해서, 16S rRNA 데이터를 NCBI의 Reference Sequence (RefSeq)에 Blast하여 99 ~ 100%의 similarity를 갖는 chromosome을 불러옵니다. 해당 chromosome을 KEGG에 Blast하여..

Hello, This is about the error when we launch package named "xlsx". Error message See the below. Error: JAVA_HOME cannot be determined from the Registry Reason The reason for this usually is that you are using a 64-bit version of R, but not a 64-bit version of Java. You may have installed a 32-bit version of Java or you might not have installed Java at all. Solution For this, you have to downloa..

안녕하세요, R에서 xlsx 패키지를 이용 중, 패키지 xlsx 실행 에러에 대한 포스팅이에요. 에러 메세지 에러 메세지는 다음과 같이 발생해요. Error: JAVA_HOME cannot be determined from the Registry 원인 원인은 컴퓨터가 64-bit의 R 버전을 이용하고 있는데, Java의 버전은 64-bit가 아닐 경우 발생하는 에러입니다. 아마도, 32-bit의 Java가 설치되어 있거나, Java가 설치되지 않은 경우 발생했을 경우로 추측할 수 있습니다. 해결 방법 해결 방법은 다음의 웹 페이지에서 64-bit의 Java를 설치 후, 다시 패키지 xlsx을 설치 및 실행하면 됩니다. Java 설치 Domain: https://www.java.com/en/download..

Hello, This is about correlation analysis among factors. The correlation analysis used to lots of study area. In my case, microbiome and enviornmental factors are analyzed by correlation methods. "Hmisc" package is used in RStudio. Let's follow the below steps to analysis. 1. Install packages install.packages("Hmisc") install.packages("xlsx") 2. Run packages library(Hmisc) library(xlsx) 3. Set c..

안녕하세요, factor에 대한 상관 관계 분석에 대한 포스팅이에요. 상관 관계 분석은 다양한 분야에 이용되곤 하는데요, 저는 주로 마이크로바이옴의 박테리아와 다른 환경인자 사이에서 분석을 하곤 합니다. RStudio의 이용 패키지는 "Hmisc"을 이용해요. 아래 Step에 따라 상관 관계 분석을 해봐요. 1. 패키지 설치 install.packages("Hmisc") install.packages("xlsx") 2. 패키지 실행 library(Hmisc) library(xlsx) 3. 계산 Matrix 설정 flattenCorrMatrix

Hello, This is about correlation analysis among factors. The correlation analysis used to lots of study fields. In my case, i used to analysis between microbiome and environmental factors. We used "corplot" and "PerformanceAnalytics" in Rstudio. You can follow up with following steps below. 1. Install Packages #+++++++++++++++++++++++++Install Packages++++++++++++++++++++++++++++++++++++# instal..