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R을 이용한 ANOSIM 통계 분석

안녕하세요, Group간의 수치 차이를 통계 분석에는 대표적으로 ANOSIM, ANOVA, PERANOSIM, PERANOVA 등등이 있습니다. 이 번 포스팅에서는 Analysis of Similiarity (ANOSIM)에 대해 다뤄볼게요. 아래 Google WIKIPedia에 가면 설명은 너무 잘 되어있습니다. https://en.wikipedia.org/wiki/Analysis_of_similarities ANOSIM의 원리, 공식, 정의, 결과 값 해석이 기술되어 있습니다. 저는 R program에서 어떤 명령어를 사용하여 분석하는지 설명합니다. 패키지는 "vegan"을 이용합니다. 1. 패키지 설치 ################### Install Packages #################..

R/R_Usage [KOR.] 2022.11.03

R을 활용한 미생물 군집 3D plot (mds, pcoa)

안녕하세요, 미생물 분석에 자주 이용되는 군집 분석 중 하나는 Beta-diversity 입니다. Diversity에도 종류가 있는데 Alpha-, Beta-, Gamma- Diversity가 있죠. 차이점은 무엇일까요? alpha에서 Gamma로 갈 수록 그룹 집단이 소규모에서 대규모로 간다고 이해하시면 됩니다. Alpha diversity는 생태계에서 특정 지역 내에서 다양성 분석이며, 주로 종 개수가 표현됩니다. Beta diversity는 종의 양 변화에 따라 측정 됩니다. Gamma diversity는 지역적 스케일로 다양성이 평가됩니다. 아래 코드는 Beta diversity에 관한 분석과 3D로 시각화 하는 방법입니다. 패키지는 "rgl"과 "car"라는 패키지를 이용합니다. 아래 총 8단계..

R/R_Usage [KOR.] 2022.11.02

R을 이용한 업무자동화

안녕하세요, 업무 자동화에는 여러가지 프로그램이 있어요. Microsoft의 Ui.Path, Python, R, Java, 등등 모두 업무자동화를 활용할 수 있죠. 그 중에서도 Ui.Path의 경우 자동화만을 위한 프로그램이에요. Ui.Path에 관해서는 나중에 포스팅할 예정이고, 오늘은 R프로그램을 이용한 업무자동화 프로그램을 포스팅 할게요. 먼저, R프로그램과 R Studio를 설치합니다. R Studio가 열리면, 업무자동화를 위한 패키지를 설치해야겠죠? 아래와 같은 명령어를 통해서 패키지 설치를 합니다. 패키지 이름은 KeyboardSimulator 입니다. ########################패키지설치########################## if (!require("devtools..

R/R_Usage [KOR.] 2022.11.02

Error: invalid multibyte string at '<b9><f8>ȣ' _ Rstudio

안녕하세요, Rstudio에서 아래와 같이 데이터 프레임을 읽지 못하는 경우가 있어요. invalid multibyte string at 'ȣ' 원인이 무엇일까요? 윈도우의 경우 EUC-KR의 인코딩을 사용하는데, 맥이나 리눅스에서는 UTF-8을 이용하기에 발생하는 에러입니다. Script의 UTF-8 설정과는 별개이며, 해결방법은 read 객체의 method에서 인자로 fileEncoding="euc-kr"을 전달해주면 됩니다. data

R/R_error [KOR.] 2022.10.28

Rstudio Package install Onedrive Error

안녕하세요, 다들 Rstudio를 이용하시면서 Package Install할 때, Error in install.packages : unable to create ‘C:/Users/hd/OneDrive/?????????/R/win-library/4.1’ 와 비슷한 문구의 Error, 한 번쯤 보셨을 거예요. 문제의 원인은 Microsoft의 Onedrive폴더가 원인이에요. 그렇다면, 어떻게 해결할 수 있을까요? 해결 방법은 총 4가지가 있습니다. 1. Rstudio를 관리자 권한으로 실행하는 방법입니다. i) 왼쪽 하단 윈도우 시작 검색창을 통해서 Rstudio를 검색하기 ii) Rstudio 프로그램을 마우스 우 클릭하여 관리자 권한으로 실행 iii) 패키지를 설치 2. Library Path를 De..

R/R_error [KOR.] 2022.10.25