R/R_error [KOR.]

[R.라딘] missing values 에러해결

Cha-Nyong 2022. 12. 23. 11:27

 

에러메세지:

 

Error in distfun(comm, method = distance, ...) :

missing values are not allowed with argument 'na.rm = FALSE'

Error in if (autotransform && xam > 50) { :

missing value where TRUE/FALSE needed

 

 

NMDS나 dbRDA같은 미생물군집간 차이 분석 과정 중 발생하는 에러.

 

에러 진단방법은 다음과 같다.

 

 # read in the data
dat <- read.delim("clipboard")
 # generate species sums these will be NA is any are missing
csum <- colSums(dat)
 # check if any are missing
any(is.na(csum))
 # [1] TRUE
 # yes, some missing, so which ones?
which(is.na(csum))
 

Column 중 이 열이 문제라고 알려준다.

 

 

summary(dat[, c("X.Eubacterium..eligens.group")])
 

요약해서 해당 열을 불러보았을 때, NA가 하나 포함되어있다고 한다.

 

 

 

 

그렇다면 데이터프레임에서 눈 크게뜨고 찾아보길 바란다. 분명 데이터값이 입력 안된 칸이 존재한다.

 

 

 

 

하... 이 에러, 날 2일동안이나 괴롭혔다.