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에러메세지: Error in distfun(comm, method = distance, ...) : missing values are not allowed with argument 'na.rm = FALSE' Error in if (autotransform && xam > 50) { : missing value where TRUE/FALSE needed NMDS나 dbRDA같은 미생물군집간 차이 분석 과정 중 발생하는 에러. 에러 진단방법은 다음과 같다. # read in the data dat

Hello, Beta-diversity is one of the mostly used analysis method in microbiome community composition study. Diversity has three kind of scale; Alpha-, Beta-, Gamma-. What is the difference? Simply, The group size are getting bigger from Alpha to Gamma. Alpha diversity is the diversity within a particular area or ecosystem; usually expressed by the number of species (i.e., species richness) in tha..

안녕하세요, 미생물 분석에 자주 이용되는 군집 분석 중 하나는 Beta-diversity 입니다. Diversity에도 종류가 있는데 Alpha-, Beta-, Gamma- Diversity가 있죠. 차이점은 무엇일까요? alpha에서 Gamma로 갈 수록 그룹 집단이 소규모에서 대규모로 간다고 이해하시면 됩니다. Alpha diversity는 생태계에서 특정 지역 내에서 다양성 분석이며, 주로 종 개수가 표현됩니다. Beta diversity는 종의 양 변화에 따라 측정 됩니다. Gamma diversity는 지역적 스케일로 다양성이 평가됩니다. 아래 코드는 Beta diversity에 관한 분석과 3D로 시각화 하는 방법입니다. 패키지는 "rgl"과 "car"라는 패키지를 이용합니다. 아래 총 8단계..