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Hello, This posting is about 16S rRNA microbiomal function prediction analysis. There are three main tools for functional prediction of bacterial microbiomes such as PICRUSt, FAPROTAX, Tax4Fun2. All of these contains weak points and strong points. In my case, i prefer to use Tax4Fun2 because of analysis pipeline. Brifely, 16S rRNA sequence data will be blasted, and highest similarity chromosome ..

안녕하세요, 16S rRNA의 미생물 군집 분석에 자주 이용되는 detail하고 deep한 내용인 functional prediction 분석에 관한 포스팅입니다. 16S의 Functional Prediction 분석이라고 하면 유명한 tool이 3개 있어요. PICRUSt, FAPROTAX, Tax4Fun2가 있지요. 각각의 장 단점은 모두 있으나, 개인적으로 Tax4Fun2가 가장 좋다고 생각하고 있어요. 이유는 Pipeline을 보면 알 수 있는데요. 간단히 설명해서, 16S rRNA 데이터를 NCBI의 Reference Sequence (RefSeq)에 Blast하여 99 ~ 100%의 similarity를 갖는 chromosome을 불러옵니다. 해당 chromosome을 KEGG에 Blast하여..

Hello, This is about correlation analysis among factors. The correlation analysis used to lots of study area. In my case, microbiome and enviornmental factors are analyzed by correlation methods. "Hmisc" package is used in RStudio. Let's follow the below steps to analysis. 1. Install packages install.packages("Hmisc") install.packages("xlsx") 2. Run packages library(Hmisc) library(xlsx) 3. Set c..

안녕하세요, factor에 대한 상관 관계 분석에 대한 포스팅이에요. 상관 관계 분석은 다양한 분야에 이용되곤 하는데요, 저는 주로 마이크로바이옴의 박테리아와 다른 환경인자 사이에서 분석을 하곤 합니다. RStudio의 이용 패키지는 "Hmisc"을 이용해요. 아래 Step에 따라 상관 관계 분석을 해봐요. 1. 패키지 설치 install.packages("Hmisc") install.packages("xlsx") 2. 패키지 실행 library(Hmisc) library(xlsx) 3. 계산 Matrix 설정 flattenCorrMatrix

안녕하세요, RStudio 작업할 때, 내가 어느 폴더에서 작업을 하고 있는지 반드시 인지하고 있어야 Output file이 어디 생성되었는지 알 수 있는데요. 이 번 포스팅은 Working Directory를 Default로 설정하는 방법에 대한 내용이에요. 1. R Studio를 실행시키면 오른쪽 아래 이런 칸이 보여요. 이 부분에서 Default 값으로 폴더를 지정할 수 있어요. 2. 상단 옵션 중에 아래와 같은 Global Option창에서 R sessions 아래 Default working directory를 설정해 주세요. 이 설정의 편리함은 R script 명령어를 저장해두고 바로 불러올 수 있다는 장점도 있어요. 3. 명령어로 설정하는 Working Directory getwd() #현재..

안녕하세요, Group간의 수치 차이를 통계 분석에는 대표적으로 ANOSIM, ANOVA, PERANOSIM, PERANOVA 등등이 있습니다. 이 번 포스팅에서는 Analysis of Similiarity (ANOSIM)에 대해 다뤄볼게요. 아래 Google WIKIPedia에 가면 설명은 너무 잘 되어있습니다. https://en.wikipedia.org/wiki/Analysis_of_similarities ANOSIM의 원리, 공식, 정의, 결과 값 해석이 기술되어 있습니다. 저는 R program에서 어떤 명령어를 사용하여 분석하는지 설명합니다. 패키지는 "vegan"을 이용합니다. 1. 패키지 설치 ################### Install Packages #################..