[R.라딘] 미생물 군집 분석 [Alpha-diversity] in Rstudio

안녕하세요,

 

미생물 군집 분석의 기초라고 할 수 있는 다양성에 대한 포스팅이에요.

 

우리는 미생물들과 공존하고 있어요. 

몸 속에도 수많은 미생물들이 존재하고, 

담수, 토양, 공기 중에도 미생물 군집이라고 할 수 있는 집단이 있어요.

 

미생물 군집이 얼마나 다양하게 있는지, 

그리고 얼마나 균등하게 있는지 평가하여 많은 분석과 해석이 이루어지곤 해요.

 

군집간의 차이는 Beta diversity를 분석하지만,

군집내의 다양성은 Alpha diversity를 이용하기도 해요.

 

 

 

 

 

 

 

아래는 R을 이용해서 Alpha diversity를 분석하는 방법에 대한 command 설명이에요.

 

 

 

 

 

 

 

1. 패키지 설치

install.packages("vegan")

install.packages("ggplot2")

install.packages("viridis")

install.packages("cowplot")

 

 

 

 

 

 

 

2. 패키지 실행

library(vegan)

library(ggplot2)

library(viridis)

library(cowplot)

 

 

 

 

 

 

 

3. Working directory 설정

getwd()

setwd(~~)

 

 

 

 

 

 

 

4. Input database

#Upload raw data

meio.data <- read.csv("alpha_diversity.csv")

meio.data <- meio.data[, 2:5986]

env.data <- read.csv("env_data_alt.csv")

 

 

 

 

 

 

 

 

5. Calculate diversity

 

# Shannon's H'

H <- diversity(meio.data)

 

# Observed Richness

richness <- specnumber(meio.data)  

 

# Pielou's Evenness

evenness <- H/log(richness)

 

 

 

 

 

 

 

 

6. Output file 생성

 

# Create alpha diversity dataframe including environmental data

 

alpha <- cbind(shannon = H, richness = richness, pielou = evenness)

head(alpha)

write.table(alpha, "D:/Work/2022_BRDkorea/Analysis/220303_Feline/Process/alpha_d.csv", row.names = TRUE)

 

 

 

 

 

 

 

결과 파일의 시각화는 생략해요.

다양한 시각화 방법이 있으니, 시각화 관련 포스팅 참고해주세요 :)