안녕하세요, 16S rRNA의 미생물 군집 분석에 자주 이용되는 detail하고 deep한 내용인 functional prediction 분석에 관한 포스팅입니다. 16S의 Functional Prediction 분석이라고 하면 유명한 tool이 3개 있어요. PICRUSt, FAPROTAX, Tax4Fun2가 있지요. 각각의 장 단점은 모두 있으나, 개인적으로 Tax4Fun2가 가장 좋다고 생각하고 있어요. 이유는 Pipeline을 보면 알 수 있는데요. 간단히 설명해서, 16S rRNA 데이터를 NCBI의 Reference Sequence (RefSeq)에 Blast하여 99 ~ 100%의 similarity를 갖는 chromosome을 불러옵니다. 해당 chromosome을 KEGG에 Blast하여..
